2285年,在與可汗的戰(zhàn)斗中損壞的聯(lián)邦星艦進(jìn)取號(hào),返回了地球的太空港以進(jìn)行維修。柯克還在為斯波克的死感到悲傷。麥科伊醫(yī)生出現(xiàn)了種種異常的行為:如擅自闖入被封鎖的斯波克原來(lái)的艙房、胡言亂語(yǔ)等,最后他被送進(jìn)了醫(yī)院進(jìn)行精神檢查。斯科提被另分派到了聯(lián)邦星艦精進(jìn)號(hào)。星際艦隊(duì)指揮部 對(duì)新形成的創(chuàng)世星下達(dá)了禁入令??驴吮桓嬷?,進(jìn)取號(hào)即將除役?! ∷共说母赣H沙瑞克找到柯克并告訴他,斯波克的遺體必須返回瓦肯星,否則他的靈魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必須回到創(chuàng)世星,尋回斯波克的遺棺并將它帶回瓦肯星——而斯波克臨死前與麥科伊進(jìn)行了心靈融合,因此帶有斯波克靈魂的麥科伊也必須前往瓦肯星。 可是,星際艦隊(duì)拒絕讓陳舊的進(jìn)取號(hào)離開太空港。從醫(yī)院出來(lái)后聽聞消息的麥科伊,企圖招募一艘飛船回到創(chuàng)世星。在與人爭(zhēng)吵時(shí)他被逮捕,但這并沒有影響到整個(gè)計(jì)劃:在柯克、斯科特、蘇魯、烏乎拉和切科夫的幫助下麥科伊順利逃脫,并一同登上了被廢棄的進(jìn)取號(hào)。為了避免被追擊,斯科提還破壞了精進(jìn)號(hào)的引擎。六名伙伴冒著毀掉畢生事業(yè)的風(fēng)險(xiǎn),駕駛進(jìn)取號(hào)航向創(chuàng)世星?! ∑溟g,克林貢人得知了創(chuàng)世計(jì)劃和創(chuàng)世星的消息。由于擔(dān)心聯(lián)邦將其改造為一種新式武器,克魯格船長(zhǎng)率領(lǐng)一艘克林貢猛禽戰(zhàn)艦,去奪取或摧毀這一戰(zhàn)略性的武器?! ≡诼?lián)邦星艦葛瑞森號(hào)上,戴維·馬庫(kù)斯博士與莎維可上尉在創(chuàng)世星的軌道上進(jìn)行著科學(xué)觀測(cè)。他們很快便在地面上發(fā)現(xiàn)了生命形式,出于好奇心的驅(qū)使,他們倆傳送上了星球表面并發(fā)現(xiàn)了斯波克空蕩的遺棺。循著生命形式的讀數(shù),他們發(fā)現(xiàn)了幼年斯波克的活體:成長(zhǎng)速度奇快,但卻沒有意識(shí)或靈魂?! 】肆重暼嗽诖藭r(shí)也抵達(dá)了創(chuàng)世星,他們摧毀了葛瑞森號(hào)并抓獲莎維可、馬庫(kù)斯和少年的斯波克作為人質(zhì)。不一會(huì),進(jìn)取號(hào)也抵達(dá)穆塔拉星區(qū)(Mutara Sector),很快就被克魯格與他的一群克林貢戰(zhàn)士攻擊到癱瘓。由于克林貢人威脅將奪去人質(zhì)的生命,柯克使用了一個(gè)計(jì)謀來(lái)重新掌控局勢(shì),但并未成功。戴維·馬庫(kù)斯隨后被克林貢人殺害。由于沒有其他的選擇,柯克只得向克林貢人投降??驴藶榱酥匦抡紦?jù)上風(fēng),冒死一搏啟動(dòng)了進(jìn)取號(hào)的自毀程序。進(jìn)取號(hào)的船員隨后傳送上了創(chuàng)世星,目睹著進(jìn)取號(hào)在一片亮光中毀滅,同時(shí)也捎帶上了克魯格大部分的戰(zhàn)士?! 】驴俗罱K與他的團(tuán)隊(duì)從克林貢人手中營(yíng)救了斯波克與莎維可,并在與克魯格的一對(duì)一戰(zhàn)斗中殺死了他。由于創(chuàng)世星獨(dú)特的力量,斯波克的遺體得以重生,并隨著創(chuàng)世星衰老的速度迅速地成長(zhǎng)。在離開不穩(wěn)定的創(chuàng)世星時(shí),斯波克剛好達(dá)到死亡前的年齡。在登上奪來(lái)的猛禽艦時(shí),創(chuàng)世星開始了劇烈的爆炸?! ≡谏橙鹂说谋幼o(hù)下,猛禽艦抵達(dá)了瓦肯星。在經(jīng)歷了危險(xiǎn)的“浮圖邦術(shù)”儀式后,斯波克的靈魂離開了麥科伊的意識(shí)回到了自己的身體中。儀式最終成功,復(fù)活的斯波克開始重新回憶他的過(guò)去與朋友。他問(wèn)進(jìn)取號(hào)的船員們,為什么要冒著失去生命與毀掉事業(yè)的危險(xiǎn)營(yíng)救他;柯克告訴他,有些時(shí)候需要“犧牲小我,成全大我”。