被稱為木星蜥蜴的神秘敵人第一次襲擊地球是在2195年,面對擁有壓倒性力量的敵人,地球軍束手無策,火星連同殖民地一起落入敵人手中。這就是“第一次火星會戰(zhàn)” 一年之后,為了奪回火星,民間組織尼魯加路重工以最新的科技造出新型戰(zhàn)艦NADESICO號,召集來的船員包括以年輕的女艦長御統(tǒng)由利加為首,她青梅竹馬的朋友,身兼廚師和機師的天河名人,其他船員雖然各有所長,但人格和來歷都有一點問題。 在戰(zhàn)斗變得白熱化之際,一個重大的真相被揭發(fā)了,敵人原來是100年前被放逐到木星的地球人子孫。他們想得到能夠令其運用來往行星間的瞬間移動技術(shù),玻色子跳躍的火星遺跡。 跟木連的和談以失敗告終,為了爭奪火星的遺跡,NADESICO、木連和尼魯加路的三方混戰(zhàn)開始了,到此為止,是地球跟木連戰(zhàn)斗的歷史,后來,地球和木連結(jié)盟,宇宙總算恢復(fù)和平,以上是TV版的劇情。