哥斯拉掉入三原山之后,日本過了5年平安的日子,但是自衛(wèi)隊為了以防萬一,打算以哥斯拉的細(xì)胞為成分制造對抗哥斯拉的武器"抗核細(xì)菌"(ANB),以及將之前與哥斯拉對戰(zhàn)時被摧毀的超級武器"Super_X"改造成為"Super X2",此時哥斯拉在三原山里居然又開始活動,使得日本關(guān)東地區(qū)地震不斷,并且使得白神博士將自己女兒細(xì)胞跟玫瑰細(xì)胞混合的植物死亡,于是白神博士便加入ANB計劃,同時他將哥斯拉細(xì)胞與女兒細(xì)胞跟玫瑰細(xì)胞混合的植物結(jié)合制造了不死植物碧奧蘭蒂,但是在一次的事件當(dāng)中碧奧蘭蒂被釋放出來并且在蘆之湖巨大化。此時三原山爆炸,哥斯拉再度出現(xiàn),自衛(wèi)隊無法阻擋哥斯拉 往東京方向移動,后來出動了"Super X2"使哥斯拉改變移動方向,但是在哥斯拉不間斷的攻擊之下"Super X2也敗下陣來,但是沒有想到哥斯拉此時卻朝著碧奧蘭蒂的所在地移動.....…