1992年,一架飛碟突然出現(xiàn)日本上空。飛碟走下三名自稱時來自23世紀地球聯(lián)邦機構的官員,他們要求直接與日本首腦對話,敦促日本盡快消滅哥斯拉,防止重蹈未來亡國的命運?! J卵芯扛鞣N神秘事件的寺澤健一郎(豐原功補 飾)在未來寫過《哥斯拉誕生》一書,其中披露了這只恐怖怪獸誕生的秘密。根據這本書的記載,未來人提出要健一郎、曾在太平洋戰(zhàn)爭期間目擊哥斯拉的恐龍專家真崎洋典(佐佐木勝彥 飾)以及國家超科學研究中心成員三枝未希(小高惠美 飾)乘坐時光機返回1944年的拉哥斯小島,試圖將哥斯拉傳送到別的地方?! ∷聺伤麄兊男袆尤〉贸晒?,但是20世紀卻出現(xiàn)了另一頭怪獸三頭金龍王。種種詭異事件的背后,可怕的危機遽然降臨………